دانشگاه بینالمللی مذاهب اسلامی بر آن است تا با پایبندی بر اصول دین و تقریب، تداوم بخش آموزههای پیامبر اکرم (ص) و کار حوزههای علمیه اسلامی در صدر اسلام باشد. حوزههایی که به فرد یا گروهی خاص تعلق نداشته است. تاریخ اسلام می تواند قراین و شواهد زیادی در این راستا در اختیار پژوهشگران قرار دهد. حوزههای علمیه شیخ طوسی در کرخ بغداد آنچنان ناظر به جمع کلمه بود که بسیاری از علمای اهل سنت در آن استفاده می کردند و علمای بزرگ شیعی چون علامه حلی، شهید اول و شهید ثانی گذشته از تحصیل در حوزههای شیعه، از مدارس اهل سنت در بغداد، مصر، مکه ، مدینه، الخلیل ، دمشق و قدس استفاده فراوان کرده اند. اجازات متبادله میان علمای مذاهب اسلامی که در اجازات بحار الانوار و اجازات آیت الله العظمی مرعشی آمده و همچنین بسیاری از کتابهای مشترک در حوزههای شیعه و سنی مانند جامع المقاصد سیوطی، احیاء علوم ، تذکره السامع (آداب تعلیم و تعلم) و منظومه سبزواری و... نشانگر همبستگی فراوان حوزههای علمیه جهان اسلام با یکدیگر است.
